多作基肥，施用量大，可提供营养元素和改良土壤性状，尤其对改良砂土、粘土和盐渍土有较好效果。
堆制方法，按原料的不同，分高温堆肥和普通堆肥。高温堆肥以纤维含量较高的植物物质为主要原料，在通气条件下堆制发酵，产生大量热量，堆内温度高（50～60℃），有机肥价格，因而腐熟快，堆制快，养分含量高。高温发酵过程中能其中的病菌、虫卵和杂草种子
微生物有机肥在农业生产中的作用：
1.增加作物产量，提高作物质量。
它有效克服了肥料营养单一、肥料供应不平衡的弊端，注重生物、有机、无机等营养物质的相互补充。施用后不仅可以提高作物产量，还可以有效提高作物质量，提高农产品安全性。生物有机肥营养释放缓慢，氮营养以NH4+或氨基酸的形式供应给植物。进入植物细胞时，不需要消耗大量的能量，也不需要植物光合作用产物，如糖、有机酸等。，直接参与植物细胞物质的合成。
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